Puskesmas Kecamatan Kepulauan Seribu Selatan berdiri seiring dengan terbentuknya Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu di tahun 2002, Puskesmas ini dulunya merupakan Puskesmas Kelurahan Pulau Tidung Kecamatan Kepulauan Seribu Walikota Jakarta Utara.

Pada pertama kali berdirinya Puskesmas Kec Kep Seribu Selatan bertempat di Kantor Camat Kepulauan Seribu Selatan dan setelah Puskesmas Pulau Tidung direhab total dan diresmikan pada tanggal 20 Februari 2007, maka Puskesmas Kec Kep Seribu Selatan resmi menempati lantai 2 gedung Puskesmas Pulau Tidung dan sementara Puskesmas Kel. Pulau Tidung menempati lantai dasar dan pada tahun-tahun selanjutnya Puskesmas Pulau Tidung menjadi Puskesmas Kecamatan Kep. Seribu Selatan

Puskesmas Kecamatan Kepulauan Seribu Selatan memiliki 2 Puskesmas Kelurahan yaitu : Puskesmas Kel. Pulau Pari & Puskesmas Kel. Pulau Untung Jawa serta 2 Pos kesehatan yaitu : Pulau Payung & Pulau Pari, dalam perkembangannya Puskesmas Kec Kep Seribu Selatan dilengkapi pula Rumah Bersalin dan Siaga 24 Jam serta rawat inap umum / persalinan yang berlokasi di Puskesmas Kecamatan Kep. Seribu Selatan di Pulau Tidung, seiring dengan kebutuhan masyarakat pada pelayanan 24 jam baik untuk pelayanan umum maupun pelayanan persalinan, maka 2 (dua) Puskesmas Kelurahan difungsikan Puskesmas siaga 24 jam dan rumah bersalin serta dilengkapi rawa inap.